Оптимизатору на самом деле неважно, какую подсистему хранения использует конкретная таблица, но подсистема хранения влияет на то, как сервер оптимизирует запрос
MySQL анализирует запросы для создания внутренней структуры (дерева разбора), а затем применяет множество оптимизаций. Сюда может входить переписывание запроса, определение порядка чтения таблиц, выбор используемых индексов и т.д.
По умолчанию каждое клиентское соединение получает собственный поток внутри серверного процесса