Симптомы аффективно-ассоциированных расстройств лишены интенциональности, поскольку связаны с наиболее ранним, досубъектным опытом, включая перинатальный. В обеспечении соответствующих их генезу аффектов играют ведущую роль неспецифические структуры мозга. Они реализуют базовые инстинктивно-опосредующие реакции, которые не модифицируются индивидуальным опытом. Соответственно в патогенезе аффективно-ассоциированных ПСР отражается адаптационное филоонтогенетическое противоречие, утрата защитно-приспособительного значения ряда эволюционно приобретенных безусловно-рефлекторных стереотипов.

Симптомы аффективно-трансформированных расстройств, напротив, интенциональны, связаны с субъектным опытом возрастного развития. Их соматическое обеспечение в большей мере реализуется специфическими структурами мозга, функционирование которых модифицируется на основе научения.