После капитуляции Франции в июне 1940 года тысячи и тысячи беженцев искали пристанища в Испании и Португалии. Однако после 10 мая 1940 года, когда Германия вторглась в Бельгию и Нидерланды, португальское правительство запретило выдачу въездных виз и транзитных разрешений через Португалию, которые можно было получить именно в консульстве в Бордо. Таким образом, 30 000 беженцев, треть которых составляли евреи, оказались буквально заперты в Жиронде.
Соуза Мендеш, увидев ужасное положение тех, кто ищет помощи, решил ослушаться четких инструкций правительства. Он принял в консульстве делегацию беженцев во главе со своим другом, раввином Хаимом Крюгером, и пообещал выдать транзитные визы всем, кто в них нуждался. Если кто-то не мог заплатить за визы, Соуза Мендеш выдавал документы бесплатно. Затем он открыл в консульстве специальный кабинет, где с помощью жены, двух сыновей и нескольких добровольцев-евреев, включая Крюгера, начал выдавать разрешения на въезд в Португалию. Соуза Мендеш работал без передышки и выдал тысячи виз.
Слухи о том, что делал Соуза Мендеш, достигли Лиссабона (между тем он продолжал выдавать визы), откуда консулу пришел приказ вернуться на родину