Если после заражения вирусом Западного Нила возникает заболевание, оно начинается спустя 3–14 дней после комариного укуса и проявляется в следующих симптомах: повышение температуры тела, озноб, боль в мышцах и суставах, головная боль, особенно в области глаз. Однако заболевают лишь 20 % инфицированных, у остальных 80 % заражение проходит бессимптомно. В целом клиническая картина очень схожа с той, что наблюдается при гриппе, но проявляется в нехарактерный для него сезон. Могут добавляться такие симптомы, как тошнота, рвота и диарея. Затем отмечается боль в горле и кашель, покраснение кожных покровов и глазных белков, также у больных пылает лицо. У каждого второго появляется сыпь. По всему телу увеличиваются в размерах лимфоузлы, может воспалиться селезенка. В некоторых случаях возможно воспаление печени и поджелудочной железы, а также желтуха. Приблизительно у 1 % заболевших развивается тяжелый энцефалит, так как вирус, проделав полный круг по организму в кровяном русле и посетив все органы, добирается наконец до мозга.