Поскольку программа setuid root систематически запускается под идентификатором суперпользователя, то очень важно обеспечить ее безопасность и надежность. Любой пользователь, которому удастся взломать программу setuid root для вызова команды по своему выбору, может затем действовать от имени пользователя root и иметь все права в системе. Специалисты по тестированию на проникновение всегда ищут эти файлы, когда получают доступ к системе, чтобы повысить свои привилегии.