Наступал 1939 год. Близилась Великая отечественная война. Некоторые из масонских лож продолжали собираться, но характер их деятельности не приобретал подобающего размаха. С 1940 деятельность Великого Востока, куда входили некоторые русские эмигрантские ложи прекратилась. Масонские документы того периода времени были уничтожены или вывезены.

22 июня 1941 года после вступления немецких войск на территорию СССР, многие из русских масонов были схвачены и арестованы. Причиной ареста многих бывших россиян являлось стремление немецких нацистов обезопасить себя от определенных эксцессов со стороны потенциальных союзников вражеского государства.